ในปี ค.ศ. 1328 พระเจ้าชาร์ลส์ที่ 4 เสด็จสวรรคตโดยไม่มีพระราชโอรส แต่ขณะที่เสด็จสวรรคตพระราชินีฌานแห่งเอฟโรซ์กำลังทรงครรภ์ ฟีลิปเป็นหนึ่งในสองคนสำคัญที่อ้างสิทธิในราชบัลลังก์ฝรั่งเศส อีกผู้หนึ่งคือ พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 3 แห่งอังกฤษ ผู้ทรงอ้างสิทธิในนามของพระราชโอรสของพระราชินีอิสซาเบลลาแห่งอังกฤษ (พระขนิษฐาของพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 4)

ฟีลิปได้รับแต่งตั้งให้เป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์โดยการสนับสนุนของขุนนางฝรั่งเศสเช่นเดียวกับการขึ้นครองราชย์ของพระเจ้าพระเจ้าฟีลิปที่ 5 โดยผ่านพระนัดดาฌานที่ 2 แห่งนาวาร์ และพระเจ้าชาร์ลส์ที่ 4 ที่ทรงขึ้นครองราชย์โดยผ่านบรรดาพระนัดดาผู้เป็นสตรีรวมทั้งพระราชธิดาในพระเจ้าพระเจ้าฟีลิปที่ 5 ร้อยปีต่อมาระบบนี้ก็กลายมาเป็นกฎบัตรซาลลิคที่ห้ามสตรีและผู้สืบสายมาจากสตรีมีสิทธิในราชบัลลังก์ หลังจากพระราชินีฌานแห่งเอฟโรซ์ให้กำเนิดพระราชธิดา ฟีลิปก็ขึ้นครองราชย์และทำพิธีบรมราชาภิเษกเมื่อวันที่ 29 พฤษภาคม ค.ศ. 1328[2] ที่มหาวิหารนอเทรอดามแห่งแรงส์

แม้ว่าจะทรงสืบเชื้อสายมาจากการ์เซียที่ 4 แห่งนาวาร์ (Garcia VI of Navarre) แต่พระเจ้าฟีลิปที่ 6 ก็ไม่ใช่ทายาทของหรือผู้สืบเชื้อสายมาจากฌานที่ 1 แห่งนาวาร์ ผู้ซึ่งเมื่อเสกสมรสก็ทรงนำนาวาร์, ชองปาญ, ตรัวส์, โมซ์ และบรี เข้ามาเป็นส่วนหนึ่งของอาณาเขตการปกครองส่วนพระมหากษัตริย์ ที่บริหารโดยระบบการบริหารของพระมหากษัตริย์ที่ริเริ่มโดยพระเจ้าพระเจ้าฟีลิปที่ 4 ผู้ทรงได้ชื่อว่าเป็นบิดาแห่งระบบราชการฝรั่งเศส อาณาบริเวณเหล่านั้นมีความเกี่ยวพันกันทางด้านการเศรษฐกิจและการบริหาร แต่พระเจ้าฟีลิปไม่ทรงมีสิทธิในอาณาบริเวณเหล่านี้ ผู้ที่มีสิทธิที่แท้จริงคือฌานที่ 2 แห่งนาวาร์พระราชธิดาในพระเจ้าหลุยส์ที่ 10 พระเจ้าฟีลิปจึงทรงสละสิทธินาวาร์ให้แก่ฌานแต่มิได้ทรงสละสิทธิในชองปาญ ทั้งสองพระองค์ทรงตกลงกันได้โดยฌานได้รับที่ดินเป็นจำนวนมากในบริเวณนอร์ม็องดีเป็นการชดเชย ในการรักษาชองปาญไว้เป็นส่วนหนึ่งของอาณาเขตการปกครองส่วนพระมหากษัตริย์